Сталкиваюсь с этим постоянно при установке нового сайта, в адресе сайта ссылка отображается как: http://you_site.ru/index.php/kontent. Эта проблема решается следующим образом:
В корневой папке сайта необходимо переименовать файл htaccess.txt в .htaccess
Перейти в админку, пройти в меню: Сайт → Общие настройки → Настройки SEO → Перенаправление URL → поставить да
Подробнее...